Conselho de Administração, órgão máximo deliberativo ao qual compete decidir sobre as grandes linhas de orientação da Fundação incumbindo-lhes entre outras:
Definir a política de assistência técnica e financeira da FUNDEI bem como da sua estratégia de intervenção;
Decidir sobre os investimentos e aplicações financeiras da Fundação;
Conselho Fiscal, Exerce a fiscalização sobre a escrituração e documentos da Fundação sempre que o julgue conveniente e dá parecer sobre o relatório às contas e o orçamento e sobre todos os assuntos que o Conselho de Administração submeter a sua apreciação.